在回答这个问题之前，我们首先要明确几个概念：男女朋友关系、夫妻关系以及孩子的出生。
男女朋友关系通常是指两个未婚的个体在情感上的结合，这种关系并不涉及法律或社会层面的约束。它更多的是基于情感、相互喜欢和愿意共度时光的选择。
夫妻关系则不同，它通常是通过婚姻这一法律行为所确立的。在多数国家和地区，夫妻关系的建立需要双方满足法定年龄、未婚或离婚状态，并通过法律程序（如注册、宣誓等）来正式确认。夫妻关系在法律、社会和道德层面上都具有一定的约束力，并伴随着一系列权利和义务。
孩子的出生则涉及到生物学和遗传学的问题。孩子是由父母（通常是已婚或未婚的男女）共同生育的，他们的生物遗传信息（DNA）会被孩子继承。孩子的出生并不会改变父母的情感关系状态，但可能会对他们的关系产生深远的影响。
现在，我们回到这个问题：两人只是男女朋友，但有两个孩子。请问是夫妻关系吗？
根据上述定义和概念，我们可以得出结论：两人只是男女朋友关系，即使他们共同生育了孩子，也不会自动成为夫妻关系。夫妻关系需要通过法律程序来确立，而不仅仅是基于孩子的出生。
然而，值得注意的是，孩子的出生可能会促使两人考虑进一步深化他们的关系，例如选择结婚。但这仍然是他们的个人选择，而不是法律或社会强加的要求。
综上所述，两人只是男女朋友并共同生育孩子，并不意味着他们是夫妻关系。